Facturation électronique et RGPD : les obligations pour les entreprises

Depuis le 1er septembre 2026, la réforme de la facturation électronique s'applique aux entreprises établies en France 1. Cette transition technique s'accompagne d'exigences précises concernant la protection des données personnelles 1. La Commission nationale de l'informatique et des libertés (CNIL) rappelle le cadre légal pour garantir la conformité des flux de facturation 1.

Calendrier et champ d'application

La réforme de la facturation électronique entre entreprises s'échelonne sur deux étapes légales 1.

Depuis le 1er septembre 2026, l'ensemble des entreprises a l'obligation de pouvoir recevoir des factures électroniques 1. À cette même date, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) doivent également émettre leurs factures sous format électronique 1.

À compter du 1er septembre 2027, l'obligation d'émission et de réception s'étendra à toutes les entreprises, y compris les petites et moyennes entreprises (PME) 1.

Les obligations fixées par le cadre légal comportent deux volets distincts 1 :

• L'émission et la réception de factures électroniques pour toute transaction entre entreprises françaises assujetties à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) 1 ;
• La transmission à l'administration fiscale des données de transaction et de paiement pour les ventes conclues avec des particuliers ou des entreprises étrangères, sous la forme de données d'activité agrégées par jour 1.

La transmission s'effectue obligatoirement par l'intermédiaire d'une plateforme agréée par l'État, soit de façon directe, soit au moyen d'une solution compatible 1. Chaque entreprise doit désigner sa plateforme pour router ses flux de facturation et transmettre ses données d'activité 1.

Qualification des données de facturation

La réglementation relative à la protection des données, issue du Règlement général sur la protection des données (RGPD) et de la loi Informatique et Libertés, s'applique uniquement aux personnes physiques [S1, S2]. Les personnes morales ne relèvent pas de ces textes 1.

Une facture qui réunit exclusivement des informations propres à une personne morale échappe au champ du RGPD 1. Ces éléments comprennent la raison sociale, l'adresse du siège, le standard téléphonique général, l'adresse email générique et les numéros SIREN ou SIRET de l'établissement [S1, S2].

En revanche, la présence de données se rapportant à une personne physique identifiée ou identifiable déclenche l'application intégrale du RGPD [S1, S2]. Cette situation concerne plusieurs catégories d'informations 1 :

• L'identité des salariés ou des interlocuteurs de l'entreprise cliente (nom et prénom) 1 ;
• Les adresses de courriel professionnel nominatives 1 ;
• Les données relatives aux entrepreneurs individuels, auto-entrepreneurs et professionnels libéraux, pour lesquels le numéro SIREN, le numéro SIRET ou l'adresse du domicile professionnel constituent des données personnelles 1.

Dans de nombreuses opérations entre personnes morales, les pièces comptables ne contiennent aucune donnée personnelle nominative 1. Le RGPD s'applique ainsi à un ensemble délimité de situations au sein des flux de facturation interentreprises 1.

Principe de minimisation et libellés

Le principe de minimisation des données constitue une obligation centrale du RGPD 1. Les données collectées et enregistrées sur les factures doivent demeurer adéquates, pertinentes et strictement limitées à ce qui est nécessaire pour exécuter la gestion comptable et commerciale 1.

L'insertion de commentaires libres ou d'informations détaillées dans les lignes de facturation présente un risque de non-conformité 1. Pour assurer le suivi d'un dossier, l'usage d'une référence neutre ou d'un numéro d'affaire doit être privilégié par rapport à l'inscription de l'identité complète d'un client particulier 1.

Une vigilance renforcée concerne les données sensibles mentionnées à l'article 9 du RGPD, dont font partie les données relatives à la santé 1. Le traitement de ces informations requiert le consentement exprès de la personne concernée, en dehors des exceptions prévues par la loi 1. À défaut, les libellés de facturation doivent employer des termes neutres et objectifs sans révéler de pathologie 1.

Le code général des impôts dispose que les factures électroniques ne doivent pas comporter la désignation précise du bien livré ou du service exécuté lorsque cette mention est couverte par le secret professionnel, comme le secret médical ou le secret des avocats 1.

Rôles et responsabilités juridiques

La conformité des traitements de données dépend de la qualification juridique de chaque intervenant dans la chaîne de facturation 1.

Responsable du traitement

L'entreprise qui émet, reçoit des factures ou transmet des données de paiement à l'administration détermine les finalités des opérations et agit à ce titre comme responsable du traitement 1.

Elle a l'obligation de veiller au respect des principes du RGPD, d'assurer la sécurité des informations traitées et de garantir l'exercice des droits reconnus aux personnes physiques (droit à l'information, droit d'accès, droit de rectification, droit à la limitation) 1.

Sous-traitant

La plateforme agréée pour la facturation électronique intervient en qualité de sous-traitante lorsqu'elle traite des flux de données sur instruction et pour le compte de l'entreprise cliente 1.

Ses obligations portent sur la sécurité, la confidentialité et la tenue d'une documentation technique de son activité 1. Ces opérations doivent faire l'objet d'un contrat écrit précisant les engagements des parties en matière de données personnelles 1.

Si la plateforme agréée réutilise les données personnelles issues des flux de facturation pour son propre compte, elle prend alors la qualification de responsable du traitement pour ces opérations spécifiques, dans le respect des conditions fixées par la réglementation 1.

Durée de conservation des pièces

Le RGPD interdit la conservation illimitée des données personnelles 1. Le responsable du traitement doit fixer une durée de conservation cohérente avec la finalité qui justifie la collecte 1.

Les délais de conservation s'alignent sur les obligations légales en vigueur, notamment les dispositions du code de commerce et du code général des impôts applicables à la tenue de la comptabilité 1. Une fois les délais légaux expirés, les données personnelles contenues dans les pièces comptables doivent être supprimées ou anonymisées 1.

Effets pour votre entreprise

L'application de la réforme impose la conduite d'actions techniques et organisationnelles précises dans vos systèmes d'information :

• Recenser les canaux de réception de factures pour raccorder votre organisation à une plateforme agréée conforme aux prescriptions légales 1 ;
• Vérifier la structure de vos libellés de facturation pour remplacer les mentions nominatives ou sensibles par des numéros de référence neutres 1 ;
• Mettre à jour le registre des activités de traitement pour y intégrer les nouveaux flux de facturation électronique et la transmission des données d'activité [S1, S2] ;
• Contrôler les clauses de protection des données personnelles figurant dans le contrat signé avec votre opérateur de facturation ou votre plateforme agréée 1 ;
• Définir une politique d'archivage respectant les durées légales de conservation comptable et les droits des personnes physiques 1.

Pour les situations juridiques ou fiscales particulières, les modalités d'application doivent être confirmées auprès de votre expert-comptable ou de votre conseil juridique.

Accompagnement Stratedge Consulting

Stratedge Consulting aide les dirigeants à structurer leurs architectures logicielles et leur gouvernance de données. Nos interventions permettent d'évaluer la conformité de vos outils et de cartographier vos flux d'information au moyen du Diagnostic stratégique ou d'un Diagnostic Express. Notre solution de pilotage Stratedge OS consolide vos données de gestion par importation des pièces existantes, sans émettre de factures électroniques. Pour faire le point sur l'organisation de vos flux numériques, vous pouvez réserver une visio découverte de trente minutes avec un expert Stratedge.

Cet article a été rédigé avec l'aide d'une intelligence artificielle à partir des sources citées ci-dessous, puis vérifié automatiquement affirmation par affirmation le 11 septembre 2026. Il ne constitue pas un conseil juridique, fiscal ou financier. Une erreur ? Signalez-la et nous corrigeons.